公司是对外独立承担责任的，公司法人变更并不影响公司对原民事责任的承担，所以依然可以以该公司为被告提起民事诉讼维护自己的合法权益。
《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》规定，纳税人未按照规定办理税务登记证件验证或者换证手续的，由税务机关责令限期改正，可以处2000元以下的罚款;情节严重的，处2000元以上1万元以下的罚款。其中包括变更登记。
如果法人不配合变更，首先当然是能协商得尽可能的去协商;公司的法定代表人，一般由执行董事或经理担任。而公司的执行董事或经理是由股东大会选举，聘任产生的。如果说法定代表人不配合变更，我们可以通过，召开股东大会，免去其职务。然后拟定新的法定代表人。股东会召开之后，相关股东签署，股东会决定书。签署好股东会决定书之后，填写变更法定代表人相关申请表，新选举的法定代表人签名。写好相关申请表并签名之后，携带公司的相关证件去工商，申请变更就可以了。
法律依据：
《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第九十条
纳税人未按照规定办理税务登记证件验证或者换证手续的，由税务机关责令限期改正，可以处2000元以下的罚款;情节严重的，处2000元以上1万元以下的罚款。