一般情况下，分公司如果是独立核算，就可以与总公司相互开具发票，各自进行汇算清缴;反之，分公司如果不是独立核算，就不可以和总公司相互开发票;分公司的账务、报表汇总到总公司，由总公司进行汇算。
分公司开发票必须取得营业执照以及国、地税务登记证。分公司在进行了税务登记后，可以向税务局申领发票。如果分公司业务开具的是增值税发票，分为以下三种情况：
1、分公司如果是一般纳税人，就可以与总公司互相开具增值税专业发票。
2、如果分公司是小规模纳税人，只能开具普通发票，而且总公司不能抵扣应缴税款;总公司也只能给分公司开具普通发票，分公司不存在着抵扣问题。
3、小规模纳税人可以向税务部门提出申请，委托代开增值税税率为3%(自09年起不再区分工、商业，一律按照3%征收)的专用发票，但是对方公司只能3%的进项税额，从自己的销项税额中抵扣。
法律依据：
《中华人民共和国发票管理办法》第十九条
销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票;特殊情况下，由付款方向收款方开具发票。