合同中可以约定罚款。对于合同中“罚款”条款的性质及效力，曾有多数人认为，“罚款”属于行政领域上的概念，只适用于存在隶属关系的主体之间。而合同关系属于平等的民事法律关系之一，故“罚款”对其不产生效力。但如今，各地法院在审判实践中开始给予其新的法律身份，认为其应属于平等主体之间有关惩罚性违约金的约定。
例如：安徽省高院在“中国某冶集团有限公司与某建筑安装有限公司建设工程施工合同纠纷”二审民事判决书中指出：“某冶公司因某建筑公司私自外运钢筋的行为承担的88万元罚款，应认定为基于其与业主的总包合同，而承担的惩罚性违约金”;
再比如：最高院在“中铁某有限公司与某公司建设工程施工合同纠纷”申诉、申请民事裁定书中指出：“《经营承包合同》中双方关于罚款的约定不属于结算和清算条款···罚款的性质应认定为发包方对施工方主张的违约金，人民法院有权依据实际情况对违约金予以调整。”
因此，在司法实践中，合同中的“罚款”一般会被认定为惩罚性违约金。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》第一百零七条
【违约责任】当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。