包庇黑社会性质组织，或者纵容黑社会性质组织进行违法犯罪活动的行为人，即使归案后如实供述相关黑社会性质组织的犯罪活动的，不能认定立功情节。根据刑法相关规定，立功，是指犯罪分子到案后有检举、揭发他人犯罪行为，经查证属实的行为。这里我们需要区分一下“对于犯罪嫌疑人、被告人如实供述自己的罪行”与“检举揭发型立功”的区别。对犯罪嫌疑人、被告人如实供述自己的罪行，是指犯罪嫌疑人、被告人到案后如实交代自己的主要犯罪事实。犯罪嫌疑人、被告人到案后如果检举、揭发了与其无关的他人的犯罪事实，已经超出了如实供述的范畴，经查证属实的，属于立功。如果被告人如实供述自己犯罪事实中必然包含有他人的犯罪事实的，也就是说，没有超出如实供述范畴的，依法不应当认定为立功。放在刚刚这个问题上，包庇或纵容黑社会性质组织进行违法犯罪的行为，嫌疑人如实供述自己的罪行，必然包含其所知道的黑社会性质组织所犯的罪行，所以，不能认定为立功。
法律依据：
《最高人民法院关于处理自首和立功具体应用法律若干问题的解释》第五条
根据刑法第六十八条第一款的规定，犯罪分子到案后有检举、揭发他人犯罪行为，包括共同犯罪案件中的犯罪分子揭发同案犯共同犯罪以外的其他犯罪，经查证属实;提供侦破其他案件的重要线索，经查证属实;阻止他人犯罪活动;协助司法机关抓捕其他犯罪嫌疑人(包括同案犯);具有其他有利于国家和社会的突出表现的，应当认定为有立功表现。