首先，要在地市级以上的报纸上刊登注销公告，申明公司要办理注销，不再经营。同时公司要成立清算小组，对其内部债权债务、税款、职工工资等情况进行清算，并出具清算报告。清算小组成员要到所在地工商管理部门进行登记备案手续。接下来，就可以依此办理国地税、工商和代码证的注销手续了。其中工商注销一定要在刊登注销公告45个工作日之后方可进行。
因未参加年检被吊销营业执照的公司办理注销登记时，应一并办理解除法定代表人警示限制手续。
提交文件、证件如下：
1、《企业注销登记申请书》，注销原因注明“因未参加年检依法被吊销营业执照，申请办理注销登记。申请解除法定代表人×××的警示限制”;
2、股东会决议或决定;
3、法定验资、审计机构出具清算审计报告。报告中应载明下列事项：
(1)债权、债务已清理完毕;
(2)各项税款、职工工资已经结清;
(3)已经在ХХ报纸上发布注销公告(该报纸应为公开发行的报纸);
4、清算组成员《备案确认通知书》;
5、《指定(委托)书》;
6、营业执照正、副本。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》第七条
依法设立的公司，由公司登记机关发给公司营业执照。公司营业执照签发日期为公司成立日期。公司营业执照应当载明公司的名称、住所、注册资本、经营范围、法定代表人姓名等事项。公司营业执照记载的事项发生变更的，公司应当依法办理变更登记，由公司登记机关换发营业执照。