合同是平等主体的自然人、法人、其他组织之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。
因为在签署合同之后，双方当事人往往还需要根据合同履行过程中的具体情况对合同内容进行不断调整、补充和完善，我们一般将后续补充的合同成为补充协议或补充合同，之前签署的合同与补充合同为主从关系。
实践中，如果主合同和补充合同存在不一致的地方，一般按照如下情形处理：
1、以具备合法有效性的约定为准。当主合同和补充合同存在不一致时，首先应当考虑冲突条款的合法有效性问题，如果其中一份的冲突条款因违法无效，则以具备法定效力的另一份约定为准。比如主合同约定出现争议时由某仲裁机构管辖，而补充协议又约定由某仲裁机构管辖的同时，还可以到法院进行诉讼。此时补充合同的争议管辖约定无效，仍以主合同的约定为准。
2、在均具有合法性有效性的情况下，以补充合同约定的冲突处理规则为准。比如补充合同约定，当主合同和补充合同的条款出现不一致时，以补充合同为准。
3、在均具有合法有效性，且补充合同未约定冲突处理规则的情况下，以最后签署的补充合同条款为准。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》第二条
本法所称合同是平等主体的自然人、法人、其他组织之间设立、变更、终止民事权
利义务关系的协议。
《中华人民共和国合同法》第六十一条
合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约
定不明确的，可以协议补充;不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确定。