软件著作权侵权损害赔偿额的确定方式主要有：
一、权利人因侵权行为受到的损失额。时间期限从侵权人实施侵权行为时起至行为停止时止，注意因果关系的证明，即权利人销售量与侵权人侵权行为致销售量下降之间的因果关系。
二、侵权人因侵权行为所获得的利润。在权利人损失无法计算时，可以通过侵权人销售侵权产品数量乘以销售价格计算。在很多时候，被告方是不愿意提供销售数据的，所以也很难获取证据。当权利人的损失数额与侵权人获利不一致时，适用较高的。
三、参照软件许可使用费的倍数确定赔偿数额。在未经许可商业性使用他人软件侵犯他人软件著作权的案件中，软件著作权人本可以通过许可使用的方式获取利益，可以根据被告实施侵权行为时间、范围等按照许可使用费计算标准进行计算。
软件侵权所造成的间接损失主要为权利人行使软件作品著作权的可得利益损失。这些损失包括权利人丧失的市场份额及市场竞争力上的削弱，以及商业信誉的损失。此外，对于用制止侵权行为的合理费用也应计算在内。
法律依据：
《中华人民共和国侵权责任法》第四十九条
侵犯著作权或者与著作权有关的权利的，侵权人应当按照权利人的实际损失给予赔偿;实际损失难以计算的，可以按照侵权人的违法所得给予赔偿。赔偿数额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。
权利人的实际损失或者侵权人的违法所得不能确定的，由人民法院根据侵权行为的情节，判决给予五十万元以下的赔偿。