工程结算纠纷的处理，应遵循两个原则，一是“尊重合意”原则，一是“实事求是”原则。
在工程造价结算中，应当基于以上两个原则，解决不同的结算争议。结合司法解释和相关审判实践，一般的处理规则如下：
1、双方已结算认定造价后一方反悔的，不予支持。
2、双方如约定以第三方的审价结果为准的，一方对第三方审定的价格有异议的，不应当支持，除非证明第三方在审价过程中存在违法行为。双方如委托第三方审价但未就审价结果的效力作出约定的，可由双方对审价结果进行质证确定。
3、双方约定了结算标准和依据的，法院应当按照该标准和依据组织双方结算或委托造价鉴定。
4、双方未对结算问题作出约定的，事后又未达成关于结算的补充协议的，可由法院委托进行司法鉴定。
5、对于发包方故意拖延，不在约定的期限内结算的，根据《司法解释》的规定，可以以承包方的送审价为准，并且，欠款自法定的时间开始计算利息。
法律依据：
《合同法》第五十七条 合同解决争议条款的效力
合同无效、被撤销或者终止的，不影响合同中独立存在的有关解决争议方法的条款的效力。
第一百二十八条 合同争议的解决
当事人可以通过和解或者调解解决合同争议。 当事人不愿和解、调解或者和解、调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。涉外合同的当事人可以根据仲裁协议向中国仲裁机构或者其他仲裁机构申请仲裁。当事人没有订立仲裁协议或者仲裁协议无效的，可以向人民法院起诉。当事人应当履行发生法律效力的判决、仲裁裁决、调解书；拒不履行的，对方可以请求人民法院执行。