专利侵权案件赔偿数额的计算依据主要是《专利法》以及《最高人民法院关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》(以下简称《规定》)。《专利法》对赔偿的计算方式作了原则性的规定，《规定》细化了各种计算方法，并且增加了一种计算方法———法定赔偿。赔偿的计算方式有四种：
1.根据侵权人因侵权获得的利益计算
依据《规定》第二十条第三款的规定计算。
这里需要注意的是如果侵权人以侵权为业的，则按照销售利润计算。销售利润大于营业利润，这样的规定给被侵权人提供了计算的便利。
2.根据被侵权人因为侵权而受到的损失计算
依据《规定》第二十条第二款计算。
这个规定大大减小了专利权人的举证难度，只要确定侵权人的销售数量就可以了，也排除了侵权人的销售并没有下降，而损失无法计算的情形。
3.根据专利许可费的倍数确定赔偿数额
依据《规定》第二十一条计算。
4.法定赔偿
依据《规定》第二十一条计算。
最后需要说明的是，前三种计算方式可以由专利权人自行选择对自己最有利的一种，而只有前三种计算方式都无法适用时，才可以采用第四种计算方法。
法律依据
《专利法》
第六十五条
侵犯专利权的赔偿数额按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定；实际损失难以确定的，可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定。权利人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该专利许可使用费的倍数合理确定。赔偿数额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。权利人的损失、侵权人获得的利益和专利许可使用费均难以确定的，人民法院可以根据专利权的类型、侵权行为的性质和情节等因素，确定给予一万元以上一百万元以下的赔偿。