1、在处理股权转让纠纷中，首先要处理外部关系，然后再处理内部关系。
2、当股东利益与债权人利益发生冲突时，优先保护股东利益；当股东之间利益发生冲突时，优先保护中小股东的利益。
3、优先保护公司利益，即股东的优先购买权。股东的优先权优于交易安全。
4、未约定股权转让价格的股权转让合同因欠缺必备条款而不具有可履行性，应认定该类合同没有成立。
5、人民法院依法裁定划转股权的，无需提交股东会决议、股权转让协议，但除了法院的裁定书外，仍需提交法定代表人签署的申请书（公司加盖公章）、公司签署的《公司股东出资情况表》、法定代表人签署的公司章程修正案等等材料。当法院作出民事判决确认当事人的股东资格后，若出现当事人因无法取得公司章程修正案等材料而无法办理股权变更登记的情况，只能亟待相关法律法规的完善。
6、对于股权转让合同中的阴阳合同，如果是在股权转让合同中以价格虚高而剥夺其他股东优先购买权的，则相对于其他股东无效；如果是为了避税，对合同的效力不产生影响，但对避税行为应由税务部门予以制裁。
法律依据：
《中华人民共和国民事诉讼法》
第二十一条对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。
对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。
第二十三条因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。