专利纠纷案件根据本身性质，可以分为三大类，第一大类是当事人不服专利局及其专利复审委员会处理决定的专利行政案件，第二大类是当事人之间的争议引起的诉讼，而专利侵权纠纷、专利合同纠纷，第三大类是专利犯罪案件，如假冒他人专利。
针对专利行政案件的管辖，最高人民法院有明确规定，均由中级人民法院作为一审法院。
针对当事人之间的争议引起的纠纷，通常由被告所在省，自治区，直辖市人民政府所在地或经济特区的中级人民法院管辖，作为第一审法院。或者有侵权行为所在的省自治区，直辖市人民政府所在地的中级人民法院，或经济特区的中级人民法院管辖。对于此类案件，不同的省市自治区或经济特区，也会有不同的规定，例如在广东省，深圳市以外的的专利案件，统一由广州知识产权法院管辖。
对于第三类专利犯罪案件，由犯罪地的人民法院管辖。
法律依据：
《民事诉讼法》
第十八条中级法院管辖
中级人民法院管辖下列第一审民事案件：（一）重大涉外案件；（二）在本辖区有重大影响的案件；（三）最高人民法院确定由中级人民法院管辖的案件。
第二十一条
对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖;被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。
对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。
同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。
《最高人民法院关于适用<中华人民共和国《民事诉讼法》>的解释》
第二条
专利纠纷案件由知识产权法院、最高人民法院确定的中级人民法院和基层人民法院管辖。海事、海商案件由海事法院管辖。