公司能否以文件不存在对抗股东知情权？

不能，法律规定，有限责任公司有制作和保存公司章程、股东会会议记录、董事会会议记录、监事会会议记录、财务会计报告、会计账薄的法定义务；股东有权查阅、复制公司章程、股东会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议和财务会计报告。
公司依法履行文件置备义务是股东知情权得以实现的前提。如果公司不履行文件置备义务，将会导致股东无法查阅、复制相关文件，剥夺股东的知情权，并有可能给股东带来损失。根据法律规定，公司除非能证明股东查阅会计账簿有不正当目的，才可以对抗股东的知情权。
因此，资料遗失或不完整，文件不存在，不是拒绝公司股东行使知情权的合理理由。

风险提示：公司董事、高级管理人员等未依法履行职责，导致公司未依法制作或者保存公司的文件材料，给股东造成损失，股东有权依法请求负有相应责任的公司董事、高级管理人员承担民事赔偿责任。董事、高管对股东无法查询公司相关文件、资料还应承担赔偿责任。