职务侵占案属于刑事案件，和其它刑事案件立案程序是一样的。
公安机关接受案件后，经审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任，且属于自己管辖的，经县级以上公安机关负责人批准，予以立案;认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微不需要追究刑事责任，或者具有其他依法不追究刑事责任情形的，经县级以上公安机关负责人批准，不予立案。对有控告人的案件，决定不予立案的，公安机关应当制作不予立案通知书，并在三日以内送达控告人。
刑法还规定，人民检察院认为公安机关对应当立案侦查的案件而不立案侦查的，或者被害人认为公安机关对应当立案侦查的案件而不立案侦查，向人民检察院提出的，人民检察院应当要求公安机关说明不立案的理由。人民检察院认为公安机关不立案理由不能成立的，应当通知公安机关立案，公安机关接到通知后应当立案。
法律依据：
《中华人民共和国刑法》第二百七十一条
【职务侵占罪】公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处五年以下有期徒刑或者拘役;数额巨大的，处五年以上有期徒刑，可以并处没收财产。
国有公司、企业或者其他国有单位中从事公务的人员和国有公司、企业或者其他国有单位委派到非国有公司、企业以及其他单位从事公务的人员有前款行为的，依照本法第三百八十二条、第三百八十三条的规定定罪处罚。
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首先公安机关需要对相关的立案文件，进行整理，侦查结束之后，就一并移交到当地相关的人民检察院进行审查；其次，对相关的立案材料进行审查；最后，审查通过后开始对立案材料进行评估，决定是否立案。
《刑法》第二百七十一条公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处五年以下有期徒刑或者拘役；数额巨大的，处五年以上有期徒刑，可以并处没收财产。
两罪最大的区别在客观方面。即行为人要成立职务侵占罪，则其必须要利用职务便利的行为。盗窃罪，是指以非法占有为目的，秘密窃取公私财物数额较大或者多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃公私财物的行...
区分职务侵占罪与盗窃罪的关键在于行为人是否利用职务上的便利。关于贪污罪、受贿罪中“利用职务上的便利”的规定，行为必须是利用职务上主管、经管、经手公共财物的权力及方便条件取得财物才是职务侵占。
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