子公司的流转税，必须在当地的税务机关核算缴纳，这个是流转税的基本原则。也就是到地税申报缴纳。现在基本上所有的城市国税地税申报都是网上申报，未开通网上申报的公司，可以凭借税务登记证(正本副本)营业执照，基本行开户许可证，基本行开户行信息等证件，到当地税务机关申请网上申报纳税。
公司纳税有以下几种办法：
1、自报核缴。即纳税人把已经算出的应纳税额向税务机关申报，经税务机关审批，填发缴款书，交由纳税单位向银行纳税的一种征收方式。
2、查定征收。即对生产不固定、账务不健全的纳税单位，由税务机关依据其生产设备、从业人员和正常条件下的生产经营情况，对其产值的应税产品查定产量和销售额(或对其经营项目查定营业额和利润额)，依率计征的一种征收方式。
3、定期定额征收。即对一些营业额和所得收入难以准确计算的个体工商户，经过自行申报，由税务机关核定一定时期的营业额和所得税附征率，实行营业税或增值税和所得税合并征收的一种方式。
4、代征。即税务机关委托某些单位或个人代为征收税款的一种方式。
法律依据：
《中华人民共和国企业所得税法》第五条
企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。