离婚时，由法院处理的财产，必须是有合法性的财产，而小产权房，众所周知，没有完整、合法的审批建设手续，无法取得国家认可的房屋产权证，所以不能在离婚时要求法院分割处理。实践中，法官为了切实帮助当事人解决好财产分割问题，调解时会组织双方协商确定解决方案，比如哪一方所有，参照当地可以转让的同类小产权房的价格给另一方补偿款；或者协商由一方来住，按当地租金标准给另一方一半补偿，如果协商成功，双方私下达成协议，但因为不是合法的产权房，所以不能写进法院的裁决文书里；如果各种方案都协商不成，那法院就不予处理，双方回去自行解决吧。
法律依据：
1、根据《最高人民法院关于适用中华人民共和国婚姻法若干问题的解释(二)》(以下简称《婚姻法解释二》)第21条规定：离婚时双方对尚未取得所有权或者尚未取得完全所有权的房屋有争议且协商不成的，人民法院不宜判决房屋所有权的归属，应当根据实际情况判决由当事人使用。为避免当事人的权益处于不确定的状态，应当根据案件实际情况，判决由一方当事人使用，并由使用的一方给予另一方适当的补偿。
2、《中华人民共和国物权法》第31条规定：依照本法第二十八条至第三十条规定享有不动产物权的，处分该物权时，依照法律规定需要办理登记的，未经登记，不发生物权效力。
3、《中华人民共和国土地管理法》第63条规定：农民集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设。