针对国有土地上房屋征收补偿，实践中，基本有以下几种方法来进行评估：
市场比较法是将估价对象与在估价时点近期有过交易的类似房地产进行比较，对这些类似房地产的已知价格作适当的修正，以此估算估价对象的客观合理价格或价值，该评估方法最能直接反映评估对象的市场价格。
成本法是通过求取估价对象在估价时点的重置价格或重建价格，扣除折旧，以此估算估价对象的客观合理价格或价值。
收益法是预计估价对象未来的正常净收益，选用适当的资本化率将其折现到估价时点后进行累加，以此估算估价对象的客观合理价格或价值。
假设开发法是预计估价对象开发完成后的价值，扣除预计的正常开发成本、税费和利润等，以此估算估价对象的客观合理价格或价值。
基准地价修正法是在政府确定公布了基准地价的地区，由估价对象所处地段的基准地价调整得出估价对象客观价格。
选用的评估方法不同，必然会导致评估结果的不同，不正确使用评估方法也必然导致评估结果失真，不能真实反映评估对象的市场价格，应当及时对评估结果提出异议。
法律依据：
《国有土地上房屋征收评估办法》第九条
房屋征收评估前，房屋征收部门应当组织有关单位对被征收房屋情况进行调查，明确评估对象。评估对象应当全面、客观，不得遗漏、虚构。
房屋征收部门应当向受托的房地产价格评估机构提供征收范围内房屋情况，包括已经登记的房屋情况和未经登记建筑的认定、处理结果情况。调查结果应当在房屋征收范围内向被征收人公布。
对于已经登记的房屋，其性质、用途和建筑面积，一般以房屋权属证书和房屋登记簿的记载为准;房屋权属证书与房屋登记簿的记载不一致的，除有证据证明房屋登记簿确有错误外，以房屋登记簿为准。对于未经登记的建筑，应当按照市、县级人民政府的认定、处理结果进行评估。