合同保证金指的是签订合同的一种约定。
关于合同保证金，目前经常出现的基本是3种：
1、商业合同的保证金，现在多用于加盟，承包工程等商业活动中。按合同法规定，在签署商业合同中，如合同条款中的约定中有提到合同保证金的事宜，此时合同中的合同保证金就属于一种约定，是受法律保护的，在履行合同时需按双方有效合同的约定处理。
2、劳动合同中的合同保证金，用人单位与劳动者订立劳动合同时，不得以任何形式向劳动者收取定金，保证金{物}或抵押金{物}。对违反以上规定的，由劳动行政部门责令用人单位立即退还给劳动者本人。
3、租赁合同保证金，房屋出租时，出租人可以与承租人约定收取房屋租赁合同保证金，房屋出租时，出租人可以与承租人约定收取房屋租赁保证金。
一般来说是在双方都基本履行完毕合同内容后退还的。当然，如果有约定具体的退还情况和退还时间的话，那么就按约定的为准。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》第一百一十五条　当事人可以依照《中华人民共和国担保法》约定一方向对方给付定金作为债权的担保。债务人履行债务后，定金应当抵作价款或者收回。给付定金的一方不履行约定的债务的，无权要求返还定金；收受定金的一方不履行约定的债务的，应当双倍返还定金。