未结算工程的处理通常情况下要从两个角度来看，
从发包方或业主的角度来看，工程是否结算不影响工程的合法性，因为判断工程的合法性通常是以建设用地规划许可证、建设工程规划许可证为依据。虽然，未结算不影响工程的合法性，但是可能存在不能竣工验收，不能交付使用，这可能会影响业主的权利。为此，发包方或业主也应该及时结算，以免产生纠纷。
从承包方或施工人的角度来看，工程未结算会影响工程款的支付，对于承包方或施工人债权的实现存在障碍，资金压力会很大，为此，承包方或施工人应该积极主张要求发包方或业主进行结算，如果不配合结算，尽快提起诉讼，主张权利，当然在未移交工程的情况下，需要保护好完工工程，以免影响竣工验收和结算。
法律依据：
《建设工程价款结算暂行办法》第二十条
当事人对工程造价发生合同纠纷时，可通过下列办法解决：
(一)双方协商确定;
(二)按合同条款约定的办法提请调解;
(三)向有关仲裁机构申请仲裁或向人民法院起诉。