公安机关对刑事案件进行立案后，案件是不会自动撤销的，只有经公安机关侦查后，没有犯罪现实或者犯罪情节显著轻微的，才会撤销案件。《公安机关办理刑事案件程序规定》规定，经过侦查，发现具有下列情形之一的，应当撤销案件：
(一)没有犯罪事实的;
(二)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;
(三)犯罪已过追诉时效期限的;
(四)经特赦令免除刑罚的;
(五)犯罪嫌疑人死亡的;
(六)其他依法不追究刑事责任的。
公安机关接受案件后，经审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任，且属于自己管辖的，经县级以上公安机关负责人批准，予以立案;认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微不需要追究刑事责任、或者具有其他依法不追究刑事责任情形的，经县级以上公安机关负责人批准，不予立案。对有控告人的案件，决定不予立案的，公安机关应当制作不予立案通知书，并在三日以内送达控告人。
法律依据：
《公安机关办理刑事案件程序规定》第一百八十三条
经过侦查，发现具有下列情形之一的，应当撤销案件：
(一) 没有犯罪事实的;
(二) 情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;
(三) 犯罪已过追诉时效期限的;
(四) 经特赦令免除刑罚的;
(五) 犯罪嫌疑人死亡的;
(六) 其他依法不追究刑事责任的。
对于经过侦查，发现有犯罪事实需要追究刑事责任，但不是被立案侦查的犯罪嫌疑人实施的，或者共同犯罪案件中部分犯罪嫌疑人不够刑事处罚的，应当对有关犯罪嫌疑人终止侦查，并对该案件继续侦查。
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