总公司撤销分公司程序如下：
(一)注销(分)公司国、地税登记证
注销(分)公司国税、地税登记证所需资料：1、国地税正副本;2、本年度汇算清缴报告;3、注销报告;4、填写税务注销表格(如果有未用完发票要先核销)。
(二)到公司主管工商局办理公司注销备案
所需资料：1、公司营业执照复印件;2、公司股东会决议(内容就是注销公司，成立清算小组);3、公司原始档案;4、到工商局领取表格;
注销(分)公司国、地税登记证和到公司主管工商局办理公司注销备案可以同时办理。
(三)登报公告
所需资料：1、公司营业执照复印件、公司股东会决议复印件;2、法定代表人身份证复印件;3、公告内容。
(四)登报45日后，再次到工商局办理注销申请
所需资料：1、公司营业执照原件(正副本);2、税务注销证明文件;3、公司股东会决议;4、公司清算报告;5、工商局领取的表格;6、公司原始档案。
(五)到质监局注销代码证
所需资料：1、营业执照注销证明文件;2、代码证原件(正副本)。
法律依据：
《中华人民共和国公司登记管理条例》第四十三条
公司申请注销登记，应当提交下列文件：(一)公司清算组负责人签署的注销登记申请书;(二)人民法院的破产裁定、解散裁判文书，公司依照《公司法》作出的决议或者决定，行政机关责令关闭或者公司被撤销的文件;(三)股东会、股东大会、一人有限责任公司的股东、外商投资的公司董事会或者人民法院、公司批准机关备案、确认的清算报告;(四)《企业法人营业执照》;(五)法律、行政法规规定应当提交的其他文件。国有独资公司申请注销登记，还应当提交国有资产监督管理机构的决定，其中，国务院确定的重要的国有独资公司，还应当提交本级人民政府的批准文件。有分公司的公司申请注销登记，还应当提交分公司的注销登记证明。