1、赔偿义务机关不同。刑事赔偿的赔偿义务机关是行使侦查、检察、审判职权的各级公安机关、国家安全机关、人民检察院、人民法院、军队保卫部门，以及看守所、监狱管理机关及其工作人员;而行政赔偿的赔偿义务机关是各级行政机关及其工作人员。
2、赔偿的范围不同。刑事赔偿范围是基于行使刑事诉讼法规定的职权而产生的对公民、法人和其他组织的人身、财产损害赔偿，如错误的刑事拘留、错捕、错判、刑讯逼供或者在刑事程序中违法对财产采取查封、扣押、冻结、追缴等措施;而行政赔偿的范围则是基于各类具体行政行为而产生的人身、财产损害赔偿责任。
3、赔偿程序不同。刑事赔偿请求人应当先向赔偿义务机关提出赔偿要求，逾期不予赔偿或赔偿请求人对赔偿数额有异议的，赔偿请求人可自期间届满之日起三十日内向其上一级机关申请复议;行政赔偿请求人应当先向赔偿义务机关提出赔偿要求，也可以在申请行政赔偿复议和提起行政诉讼时一并提出，但不得经赔偿义务机关处理而直接提起诉讼。
法律依据：
《中华人民共和国国家赔偿法》第七条
行政机关及其工作人员行使行政职权侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，该行政机关为赔偿义务机关。两个以上行政机关共同行使行政职权时侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，共同行使行政职权的行政机关为共同赔偿义务机关。法律、法规授权的组织在行使授予的行政权力时侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，被授权的组织为赔偿义务机关。