一个建设工程从立项到竣工验收，不同的施工阶段，工程备案的部门和流程也不相同。在立项阶段，首先需要编制可研报告，发改委进行“立项批复”，国土局出具“用地预审意见”，环保局出具“环境评估审查意见”。在方案设计阶段，需要完成方案设计，取得规划部门的“设计方案审查意见”，完成初步设计及概预算编制后由发改委出具“初步设计及概预算审查意见”，土地规划部门颁布“用地规划许可证”，国土局颁布“建设用地批准书”。完成图纸设计后，分别报人防办、消防局、园林局进行审查备案，由规划部门颁布“工程规划许可证”，由国土局颁发“国有土地使用证”，由住房和城乡建设部门出具“施工许可证”。在工程施工阶段，对于必须进行招投标的项目，要向当地住房和城乡建设部门就中标监理公司及监理合同、中标施工单位及施工合同进行备案，到县级以上公安消防部门进行消防备案。
工程竣工后，建设单位应当自建设工程竣工验收合格之日起15日内，将建设工程竣工验收报告和规划、公安消防、环保等部门出具的认可文件或者准许使用文件报建设行政主管部门或者其他有关部门备案。
法律依据：
《建设工程质量管理条例》第四十九条
建设单位应当自建设工程竣工验收合格之日起15日内，将建设工程竣工验收报告和规划、公安消防、环保等部门出具的认可文件或者准许使用文件报建设行政主管部门或者其他有关部门备案。
建设行政主管部门或者其他有关部门发现建设单位在竣工验收过程中有违反国家有关建设工程质量管理规定行为的，责令停止使用，重新组织竣工验收。