工程垫资是否合法这个问题，首先从广义层面理解，工程垫资是否合法区分为政府投资项目和非政府投资项目。1996年建设部、国家计委、财政部发布《关于严格禁止在工程建设中带资承包的通知》中明确禁止工程垫资施工。2006年1月4日，建设部、国家发展和改革委员会、财政部、中国人民银行发布《关于严禁政府投资项目使用带资承包方式进行建设的通知》废止了原建设部、国家计委、财政部发布的《关于严格禁止在工程建设中带资承包的通知》，明确规定政府投资项目一律不得以建筑业企业带资承包的方式进行建设，不得将建筑业企业带资承包作为招投标条件，将禁止垫资承包的项目范围限制在政府投资项目，意味着非政府项目建设单位和施工单位可以约定垫资承包。所以，从广义上讲，政府投资项目工程垫资不合法，非政府项目工程垫资因未明文禁止而合法。从狭义上讲，不论是政府投资项目还是非政府投资项目，我国法律并未禁止工程垫资，在私法领域，“法无禁止即自由”，且最高人民法院颁布的司法解释明确双方当事人可以在合同中约定垫资承包，故工程垫资属合法。
法律依据：
《建设部、国家发展和改革委员会、财政部、中国人民银行关于严禁政府投资项目使用带资承包方式进行建设的通知》第一条
政府投资项目一律不得以建筑业企业带资承包的方式进行建设，不得将建筑业企业带资承包作为招投标条件;严禁将此类内容写入工程承包合同及补充条款，同时要对政府投资项目实行告知性合同备案制度。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第六条
当事人对垫资和垫资利息有约定，承包人请求按照约定返还垫资及其利息的，应予支持，但是约定的利息计算标准高于中国人民银行发布的同期同类贷款利率的部分除外。当事人对垫资没有约定的，按照工程欠款处理。当事人对垫资利息没有约定，承包人请求支付利息的，不予支持。