公司股权变更的，应按照下述标准缴纳变更费用：
1、营业税：根据《财政部国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》对股权转让不征收营业税;
2、个人所得税：根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例的规定，原股东取得股权转让所得，应按“财产转让所得”项目征收个人所得税。如股权转让方是个人，需要交纳个人所得税。交纳标准：按照转让成交价减去当初出资价和费用，按照此差额的20%交纳个人所得税;
3、印花税：企业企业股权转让所立的书据，双方按照产权转移就股权转让书据计贴印花税。适用税率为书据所载金额5‰。
比如以100万元的转让价款计算，个人所得税为20万元，印花税为5000元。
另外，公司股权变更需要提交材料有：
1、《公司变更登记申请表》;
2、公司章程修正案(全体股东签字、盖公章);
3、股东会决议(全体股东签字、盖公章);
4、公司执照正副本(原件);
5、全体股东身份证复印件(原件核对);
6、股权转让协议原件(注明股权由谁转让给谁，股权、债权债务一并转让，转让人与被转让人签字。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》第七十一条
有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。
股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。
经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。
公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。