一、借条与借款合同成立的方式不同
借款合同(书面)的成立，一般由双方当事人协商一致后，双方在合同上签字(盖章)，合同成立。借条多用于民间借贷，根据民间借贷习惯，双方当事人达成一致后，在即时履行的情况下，贷款义务方向对方支付借款，则对方立即向贷款方出示(成立)借据。
二、 借条与借款合同“持有”文书的法律意义不同
借款合同一般一式两份，双方当事人各持一份。借条，一般只由借款人写就一份，并在支付贷款时向贷款人交付，所以，贷款人(债权人)“持有”借条，可以证明贷款人向借款人支付了贷款，证明借款人收到了该借款。
三、借据与借款合同对是否已经还款的证明作用不同
按照民间使用借条的一般操作程序，是在借款发生(交付)时，由债务人写就、出具借条，并将借据交付给债权人持有。在债务人偿还借款时，债权人将借据退还给债务人。 债权人持有借条可证明债务人尚没有偿还该借款。 借款合同，由于该合同的“持有”同合同义务履行不发生必然联系，因此，持有借款合同，不能够用来证明债务人没有偿还借款，即使“持有”的时间已经在合同的约定还款时间之后，意图凭该“持有”合同去证明债务人没有偿还债务而构成违约事实，也是站不住脚的。
法律依据:
《合同法》
第一百九十六条　借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。

第一百九十七条　借款合同采用书面形式，但自然人之间借款另有约定的除外。借款合同的内容包括借款种类、币种、用途、数额、利率、期限和还款方式等条款。

第一百九十八条　订立借款合同，贷款人可以要求借款人提供担保。担保依照《中华人民共和国担保法》的规定。

第一百九十九条　订立借款合同，借款人应当按照贷款人的要求提供与借款有关的业务活动和财务状况的真实情况。

第二百条　借款的利息不得预先在本金中扣除。利息预先在本金中扣除的，应当按照实际借款数额返还借款并计算利息。

第二百零一条　贷款人未按照约定的日期、数额提供借款，造成借款人损失的，应当赔偿损失。借款人未按照约定的日期、数额收取借款的，应当按照约定的日期、数额支付利息。

第二百零二条　贷款人按照约定可以检查、监督借款的使用情况。借款人应当按照约定向贷款人定期提供有关财务会计报表等资料。

第二百零三条　借款人未按照约定的借款用途使用借款的，贷款人可以停止发放借款、提前收回借款或者解除合同。

第二百零四条　办理贷款业务的金融机构贷款的利率，应当按照中国人民银行规定的贷款利率的上下限确定。

第二百零五条　借款人应当按照约定的期限支付利息。对支付利息的期限没有约定或者约定不明确，依照本法第六十一条的规定仍不能确定，借款期间不满一年的，应当在返还借款时一并支付;借款期间一年以上的，应当在每届满一年时支付，剩余期间不满一年的，应当在返还借款时一并支付。

第二百零六条　借款人应当按照约定的期限返还借款。对借款期限没有约定或者约定不明确，依照本法第六十一条的规定仍不能确定的，借款人可以随时返还;贷款人可以催告借款人在合理期限内返还。

第二百零七条　借款人未按照约定的期限返还借款的，应当按照约定或者国家有关规定支付逾期利息。

第二百零八条　借款人提前偿还借款的，除当事人另有约定的以外，应当按照实际借款的期间计算利息。