主犯是指组织、领导犯罪集团进行犯罪活动或者在共同犯罪中起主要作用的犯罪分子。
我国刑法对主犯的处罚包括两种情况：一是组织、领导犯罪集团的首要分子，按照集团所犯的全部罪行处罚。二是犯罪集团的首要分子以外的其他主犯，按照该主犯在共同犯罪活动中所参与的全部犯罪处罚，或者按照其组织、指挥的全部犯罪处罚。
只要公安机关掌握的定罪量刑的证据确实充分，就可以由法院开庭审判。主犯长时间不能归案，可以对已经归案的犯罪嫌疑人先行起诉判决，如果情节较轻，检察院也许会做出不予起诉的决定。
所以，对于主犯在逃，对在押犯的犯罪事实已查清并有确实、充分证据的，应按照刑事诉讼法规定的诉讼程序，该起诉的起诉，该定罪判刑的定罪判刑。
法律依据：
《关于如何处理有同案犯在逃的共同犯罪案件的通知》
(一)公安机关应对在逃的同案犯，组织力量，切实采取有力措施，积极追捕归案。
(二)同案犯在逃，对在押犯的犯罪事实已查清并有确实、充分证据的，应按照刑事诉讼法规定的诉讼程序，该起诉的起诉，该定罪判刑的定罪判刑。
如在逃跑的同案犯逮捕归案后，对已按上项办法处理的罪犯查明还有其他罪没有判决时，可以按照刑事诉讼法规定的诉讼程序对新查明的罪行进行起诉和判决。人民法院应依照刑法第六十五条和全国人民代表大会常务委员会《关于处理逃跑或者重新犯罪的劳改犯和劳教人员的决定》的有关规定判处这类案件。
(三)由于同案犯在逃，在押犯主要犯罪事实情节不清并缺乏证据的，可根据不同情况，分别采取依法报请延长羁押期限、监视居住、取保候审等办法，继续侦查，抓紧结案。
(四)由于同案犯在逃，没有确实证据证明在押犯的犯罪事实的，或已查明的情节显著轻微的，应予先行释放，在同案犯追捕归案、查明犯罪事实后再作处理。