1、犯罪对象不同。生产、销售劣药罪的对象只能是劣药，而生产、销售假药罪的对象只能是假药。假药和劣药的范围由《药品管理法》明确规定。
2、构成犯罪的标准不同。生产、销售劣药行为只有对人体健康造成严重危害的，才构成犯罪，在犯罪形态上属结果犯。生产、销售假药行为只要足以对人体健康造成严重危害的，就构成犯罪，在犯罪形态上属危险犯。
3、两种行为的社会危害性不同，处罚也不同。劣药的实质是药品质量和使用效能达不到标准规定和预期治疗效果，而假药多数情况下是以非药品冒充药品或者以其他种药品冒充此种药品。“假药”往往比“劣药”对人体造成的危害大，因而生产、销售假药的法定刑要重于生产、销售劣药罪，前者法定最高刑为死刑，后者为无期徒刑。另外，行为人既生产、销售假药，又生产、销售劣药，均构成犯罪的，应当分别定罪，实行数罪并罚。