1、目前的普遍做法是允许还原至所属月份计算缴纳个人所得税，计算公式为：所属月份补发工资应纳税额={[（所属月份补发工资+原所属月份的工资薪金所得）-费用减除额]×适用税率-速算扣除数}-原所属月份已缴纳的个人所得税；
2、按照个税法规定，工资薪金所得按月计算，应以纳税人一个月内取得的所有工资薪金所得一并计算缴纳个人所得税。在企业单位实际工作中，确实存在因政策原因、或因资金周转困难等原因导致不能按时发放工资而采取集中补发工资的情形。若按税法规定计算缴纳个人所得税，纳税人的税负明显畸高。各地税务机关特此而发文允许还原至所属月份计算缴纳个人所得税的做法；
法律依据:
《福建省地方税务局关于一次性补发工资征收个人所得税问题的通知》(闽地税政二[200099号)规定：近接一些市局和部分机关事业单位请示，要求明确关于财政性补发工资扣缴个人所得税的具体操作问题。考虑到这种形式补发的工资属政府行为，经研究，对政府行为的一次性补发工资允许平均计算，具体办法如下：将补发当月起到实际发放当月的所有工资性收入加上补发的工资数进行平均，计算出每月的工资，寻找适用的税率和速算扣除数，以实际发放当月的工资总额(包括补发的工资)作为应税收入额，计征个人所得税。
《个人所得税法实施条例》第三十五条