在处理婚姻案件中，人民法院对亲子关系存疑的，是不能主动以职权委托相关部门做亲子鉴定的，只有一方或双方当事人在诉讼中向人民法院提出亲子鉴定的鉴定的申请时，人民法院才能考虑启动亲子鉴定程序，如果一方或双方没有提出这一请求，即使亲子关系可能存疑，法院也不能主动启动鉴定程序，因此可以说亲子鉴定程序遵循的是当事人自愿原则。
法律依据:
最高人民法院关于适用〈中华人民共和国婚姻法〉若干问题的解释（三）
第二条?夫妻一方向人民法院起诉请求确认亲子关系不存在，并已提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以推定请求确认亲子关系不存在一方的主张成立。
当事人一方起诉请求确认亲子关系，并提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以推定请求确认亲子关系一方的主张成立。
《民事诉讼法》第六十四条
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国婚姻法〉若干问题的解释（三）》第二条
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