刑事案件不起诉是否有案底需分情况看。如果是绝对不起诉,根据《刑事诉讼法》第一百七十七条第一款规定,犯罪嫌疑人没有犯罪事实,或者有本法第十六条规定的情形之一的,人民检察院应当作出不起诉决定。这种情况下,不会留下案底。相对不起诉的,依据《刑事诉讼法》第一百七十七条第二款,犯罪情节轻微,依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的,人民检察院可以作出不起诉决定。此时,虽然检察院决定不起诉,但仍可能被认定有犯罪事实,可能会留下案底。存疑不起诉的,按照《刑事诉讼法》第一百七十八条,对于二次补充侦查的案件,人民检察院仍然认为证据不足,不符合起诉条件的,应当作出不起诉的决定。这种情况也不会有案底。
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