公司申请破产后，债务的处理如下：1. 首先，由破产财产来清偿。破产财产包括破产申请受理时属于债务人的全部财产，以及破产申请受理后至破产程序终结前债务人取得的财产。《企业破产法》第三十条规定了破产财产的范围。2. 然后，破产财产会按照法定顺序清偿债务。先清偿破产费用和共益债务，如破产案件的诉讼费用等。之后依次清偿职工工资、医疗、伤残补助等；社会保险费用和破产人所欠税款；最后清偿普通破产债权。《企业破产法》第一百一十三条明确了清偿顺序。3. 若破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求，则按比例分配。破产程序终结后，未能清偿的债务依法不再清偿。
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