1. 若强奸罪证据不足，在侦查阶段，公安机关可能会补充侦查。会进一步收集、核实相关证据，比如寻找新的证人、提取更有力的物证等。2. 在审查起诉阶段，检察院会综合全案证据判断是否符合起诉条件。若证据不足，可能会要求公安机关补充侦查，也可能作出不起诉决定。3. 在审判阶段，法院会根据现有证据进行审理。若证据不足以认定被告人构成强奸罪，会作出无罪判决。对于证据不足的案件，司法机关遵循疑罪从无原则，保障被告人合法权益，防止冤假错案发生。总之，证据不足时，案件会依据法定程序处理，确保司法公正。
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