不起诉案件中违法所得的没收程序如下:1 启动主体:人民检察院可以向人民法院提出没收违法所得的申请。公安机关认为有依法应当没收的违法所得及其他涉案财产的应当提出没收违法所得的申请。2 申请材料:申请书应当写明犯罪嫌疑人的基本情况案由和案件来源犯罪嫌疑人涉嫌犯罪的事实及相关证据材料违法所得及其他涉案财产的种类、数量、所在地及查封、扣押、冻结的情况犯罪嫌疑人逃匿、被通缉、脱逃、下落不明、死亡等情况申请没收的理由和法律依据。3 管辖法院:由犯罪地或者犯罪嫌疑人、被告人居住地的中级人民法院组成合议庭进行审理。4 公告程序:人民法院受理没收违法所得的申请后应当发出公告。公告期间为六个月。犯罪嫌疑人、被告人的近亲属和其他利害关系人有权申请参加诉讼也可以委托诉讼代理人参加诉讼。5 审理与裁定:人民法院在公告期满后对没收违法所得的申请进行审理。利害关系人参加诉讼的人民法院应当开庭审理。经审理对经查证属于违法所得及其他涉案财产除依法返还被害人的以外应当裁定予以没收;对不属于应当追缴的财产的应当裁定驳回申请解除查封、扣押、冻结措施。在不起诉案件中没收违法所得需严格按照法定程序进行以确保法律的公正实施。
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