建设工程合同纠纷可按以下路径处理：1.优先协商和解：双方结合合同约定与实际履行情况直接沟通，达成一致后签订书面和解协议，高效化解纠纷。2.申请第三方调解：协商未果时，可向建设工程行业协会、人民调解委员会等中立机构申请调解，促成双方达成调解协议。3.提交仲裁解决：若合同约定仲裁条款或事后达成仲裁协议，向约定仲裁机构申请仲裁，仲裁裁决为终局性，对双方具有约束力。4.提起民事诉讼：无仲裁协议时，向建设工程所在地人民法院起诉（建设工程属不动产，适用专属管辖）。5.证据留存：全程妥善保存合同、工程签证、结算文件、付款凭证等证据，作为权利主张的核心依据。
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