亲子鉴定时，需要遵循几个原则：
一是当事人主动申请。在处理婚姻家庭案件时，审判机关即使对“父子”关系有怀疑，也不能主动依职权委托有关部门作亲子鉴定。只有一方或双方当事人在诉讼中向法院提出作亲子鉴定的申请时，审判机关才能启动亲子鉴定程序。
二是当事人自愿。亲子鉴定是公民的一种人身权，在具体操作时需要双方及其子女的配合。即使一方向法庭提出了亲子鉴定申请，但还是得经过另一方的同意才行，在一定情况下还得经过其子女的同意才行。
三是视情况征求子女意见。亲子鉴定不仅仅是涉及到夫妻双方，实际上更多的是涉及到孩子当前和将来的成长和生活。
四是从严掌握。亲子鉴定涉及到亲情、婚姻、财产、名誉等多方面的问题，应从有利于建设和睦、团结的家庭，有利于整个社会良好的风尚，有利于子女的成长及教育角度出发，必须从严掌握。
法律依据：
《最高人民法院关于适用中华人民共和国婚姻法若干问题的解释(三)》第二条，夫妻一方向人民法院起诉请求确认亲子关系不存在，并已提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以推定请求确认亲子关系不存在一方的主张成立。
当事人一方起诉请求确认亲子关系，并提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以推定请求确认亲子关系一方的主张成立。