一、借条与借款合同成立的方式不同
借款合同(书面)的成立，一般由双方当事人协商一致后，双方在合同上签字(盖章)，合同成立。借条多用于民间借贷，根据民间借贷习惯，双方当事人达成一致后，在即时履行的情况下，贷款义务方向对方支付借款，则对方立即向贷款方出示(成立)借据。
二、 借条与借款合同“持有”文书的法律意义不同
借款合同一般一式两份，双方当事人各持一份。借条，一般只由借款人写就一份，并在支付贷款时向贷款人交付，所以，贷款人(债权人)“持有”借条，可以证明贷款人向借款人支付了贷款，证明借款人收到了该借款。
三、借据与借款合同对是否已经还款的证明作用不同
按照民间使用借条的一般操作程序，是在借款发生(交付)时，由债务人写就、出具借条，并将借据交付给债权人持有。在债务人偿还借款时，债权人将借据退还给债务人。 债权人持有借条可证明债务人尚没有偿还该借款。 借款合同，由于该合同的“持有”同合同义务履行不发生必然联系，因此，持有借款合同，不能够用来证明债务人没有偿还借款，即使“持有”的时间已经在合同的约定还款时间之后，意图凭该“持有”合同去证明债务人没有偿还债务而构成违约事实，也是站不住脚的。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》第一百九十六条
借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。