工程款结算的原则：1、按合同约定的计价标准或计价方法结算。尊重合同当事人的约定，充分体现了合同法中的意思自治原则。因工程量或质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订合同时当地建设主管行政部门发布的计价标准或计价方法结算，但施工合同有效而工程竣工验收不合格的，若经修复
仍竣工验收不合格的，承包人请求支付工程款，法院不予支持。2施工合同无效，工程竣工验收合格，仍可以参照合同约定结算。
实践中，合同约定涉及的原则：1、价格标准，约定采用定额，还是清单方法;2、工程量核定及调整的约定，特别是各种变更情况下的工程量调整原则;3、关于签证的原则，怎样才是有效的签证，其形式和内容的要件的约定，以及有效授权的要件，约定明确的管理流程。
法律依据：
依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》等法律法规，进行工程款结算：
　　１、该解释第二条规定，当建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。因此，当黑白合同都被认定为无效的，施工方已完工的建设工程经验收质量合格的，可以参照实际履行的合同约定支付工程价款。
　　２、根据该解释第三条规定，建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：
　　（１）修复后建筑工程验收合格的，发包人应该参照黑合同支付工程款，但可以要求施工方承担修复费用。
　　（２）修复后建筑工程验收依然不合格的，发包人可以不支付工程款。需要注意的是，建筑工程验收不合格造成发包人损失的，施工方应承担相应的赔偿责任，但发包人有过错的，也要承担相应的责任，同时减轻施工方的责任。