实践中电子版合同的效力认定有差异，一般只要合同依法成立，一般是由效的，但是往往用人单位和劳动者会因电子劳动合同的具体内容产生争议，从而引起对合同效力的争议。
首先，电子协议难以确认填写者的身份。网上协议签署，一般要注册一个账号，通过账号密码来识别用户身份。
其次，电子协议的系统存在被纂改的可能。公司内部的系统，数据库往往由公司管理。具有管理员权限的人，登入到数据库中，就可以修改劳动者输入的信息，这样的系统作为电子协议的保管方，是否具有公信力很难确定。
再次，一旦发生争议，如何再现这个协议的签署也很困难。就现在大多数网上注册协议来看，签署后，再现时没有任何类似纸质协议签字这样的凭证，只能显示签署时间，或者模拟显示某人已签署的注记。
我国的《电子签名法》也表示：涉及婚姻、收养、继承等人身关系的合同不适用电子文书。劳动合同在某些方面同样具有人身属性的合同，它不太适合电子文书。
综合上述分析，为了避免诸多麻烦，还是建议用人单位在入职时与劳动者签署纸质的劳动合同。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》第十条
建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。已建立劳动关系，未同时订立书面劳动合同的，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。用人单位与劳动者在用工前订立劳动合同的，劳动关系自用工之日起建立。