司法鉴定的鉴定费按照谁主张，谁举证的原则，一般应由患方提出鉴定申请，患方垫付鉴定费。最终的鉴定费的承担与鉴定结果有关。
经过鉴定，医疗机构存在医疗过错、造成了患者的医疗损害、医疗机构应当承担赔偿责任的，鉴定费由医疗机构按照鉴定结论的责任比例承担，医疗机构应退还部分或者全部患方预缴的鉴定费。
如果经过鉴定，医疗机构没有过错、不承担法律责任的，鉴定费由提出鉴定申请方承担。如果是医疗机构提出的鉴定申请，鉴定费由医疗机构承担，由患方提出的鉴定申请的，鉴定费由患方承担。
法律依据：
《医疗事故技术鉴定暂行办法》第十五条
双方当事人共同委托医疗事故技术鉴定的，由双方当事人协商预先缴纳鉴定费。卫生行政部门移交进行医疗事故技术鉴定的，由提出医疗事故争议处理的当事人预先缴纳鉴定费。经鉴定属于医疗事故的，鉴定费由医疗机构支付;经鉴定不属于医疗事故的，鉴定费由提出医疗事故争议处理申请的当事人支付。县级以上地方人民政府卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告后，对需要移交医学会进行医疗事故技术鉴定的，鉴定费由医疗机构支付。
《医疗事故技术鉴定暂行办法》第十六条
有下列情形之一的，医学会中止组织医疗事故技术鉴定：(一)当事人未按规定提交有关医疗事故技术鉴定材料的;(二)提供的材料不真实的;(三)拒绝缴纳鉴定费的;(四)卫生部规定的其他情形。