通常情况下工程结算的举证责任是由承包方举证，因为工程结算一般都涉及到工程款的给付，一般都是工程承包方，也就是我们所说的施工主体向发包主体主张工程款，而工程款给付金额一般都涉及到合同成立生效，工程量，工程计价依据，工程款支付时间或条件等。而根据民事诉讼的证据规则，对于合同成立、生效的举证责任是由主张合同成立生效方承担。对于支付工程款请求权的依据同样也需要承包方来承担举证责任，但是在不同案件中，不同的事实的特定情况下，也可能发包方在举出初步责任的情况下，承包人需要进行反驳证据举证，如就造价争议问题而言，在施工方计算价款相对可信的情况下，举证原则可能变为“谁反驳谁举证”。
法律依据：
《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条
当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。
当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。
人民法院应当按照法定程序，全面地、客观地审查核实证据。