很多时候，当劳动者与用人单位发生纠纷后，劳动者想通过劳动仲裁委员会解决劳动争议，但又担心回来留下案底，对自己再找工作造成不好的影响，其实这种担心是不必要的。申请劳动仲裁，劳动机关会保存相关的档案。所谓的案底，是司法机关处罚的档案，不包括劳动机关的仲裁档案。不会留下案底。
案底一般指某人过去犯法或犯罪行为的记录。又称犯罪人员犯罪记录制度，在我国法律中一般指有过刑事犯罪前科的档案记录，而该犯罪档案一般存放至公安部门保存。
申请劳动仲裁是发生纠纷之后才会申请的，而案底是在刑事案件的时候，犯罪才会有的，所以劳动仲裁，申请之后不会产生案底，因为没有构成犯罪。
因此，律师建议当用人单位侵犯劳动者合法权益时，劳动者应当积极应对，通过法律途径保护自身的合法权益。
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百八十六条
犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。 犯罪记录被封存的，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。依法进行查询的单位，应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。