发生劳动争议，除过劳务派遣形式用工，劳动者原则上只能将与其建立劳动关系的用人单位，作为被申请人，申请劳动仲裁，并不可以将与自己无劳动关系的用人单位分公司作为被申请人或者被告。因为用人单位的分公司、子公司或者关联公司等，虽然与用人单位存在千丝万缕的联系，但在法律上，各个公司都有独立的营业执照，各自是独立的法人主体，对外独立承担用工主体资格。但在此律师要特别说明两点：1、虽然用人单位与其分公司都具有独立的营业执照，但两个单位资产、人员混同，实际上是两块牌子，一套人马，这种情况，劳动者可以将两者作为共同被申请人;2、即使不能一起告分公司，但法律规定，如果劳动者胜诉后申请强制执行，总公司名下没有财产的，劳动者是可以追加所有的分公司为共同被执行人，也即是说，虽然不能直接告分公司，但分公司最终还是要对总公司不能清偿的债务还是要承担责任的。
法律依据：
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十二条
发生劳动争议的劳动者和用人单位为劳动争议仲裁案件的双方当事人。劳务派遣单位或者用工单位与劳动者发生劳动争议的，劳务派遣单位和用工单位为共同当事人。