1.性质不同
劳动争议仲裁具有行政和司法双重特征。行政特征是指，仲裁机构是劳动争议仲裁委员会，而劳动争议仲裁委员会是由劳动行政部门的代表、同级工会代表和用人单位方面的代表组成，即机构组成具有“三方性”，同时在方针、政策、规章等方面接受劳动行政部门的领导;司法特征是指劳动争议仲裁具有一定的裁制权，仲裁机构所作出的裁决书在当事人未于法定期间内起诉的情况下即产生法律强制执行力。
劳动争议诉讼则是完全的司法性质，具有最终的司法裁判权。
2.依据不同
劳动争议仲裁的法律依据主要是《中华人民共和国劳动法》和《企业劳动争议处理条例》;民事争议诉讼的法律依据主要是《民事诉讼法》。
3.程序不同
法律依据：
《劳动法》第七十七条
用人单位与劳动者发生劳动争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。
调解原则适用于仲裁和诉讼程序。
第七十九条
劳动争议发生后，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解；调解不成，当事人一方要求仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人一方也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。