工程变更的流程如下：
提出工程变更申请报告。
填报变更原因、相关图纸和变更工程量和造价等。
监理公司审核工程变更必要性和可行性，审核工程变更造价合理性，审核工程变更对工期的影响，并签署审核意见;设计单位审核工程变更图纸审核相关图纸是否满足设计规范，是否符合原设计要求，并签署审核意见。
建设单位按相关规定的审批权限进行申报或批复。
建设单位项目主管按上级领导批复意见向监理公司出具工程变更审批意见，明确变更是否执行。
监理公司下发工程变更通知令，在变更通知中明确变更工程项目的详细内容、变更工程量、变更项目的施工技术要求、质量标准、相关图纸，明确变更工程的预算造价和工期影响。
承包商按工程变更通知令执行工程变更，如承包商对工程变更持有异义，承包商也应遵照执行，并在7天内向监理公司提交争议，协商解决。
法律依据：
《公路工程设计变更管理办法》第十四条
项目法人在报审设计变更文件时，应当提交以下材料：（一）设计变更说明；（二）设计变更的勘察设计图纸及原设计相应图纸；（三）工程量、投资变化对照清单和分项概、预算文件。
第十五条
设计变更文件的审批应当在20日内完成。无正当理由，超过审批时间未对设计变更文件的审查予以答复的，视为同意。需要专家评审的，所需时间不计算在上述期限内。审批机关应当将所需时间书面告知申请人。
第二十四条
项目法人有以下行为之一的，交通主管部门责令改正；情节严重的，对全部或者部分使用国有资金的项目，暂停项目执行。构成犯罪的，依法追究刑事责任：（一）不按照规定权限、条件和程序审查、报批公路工程设计变更文件的；（二）将公路工程设计变更肢解规避审批的；（三）未经审查批准或者审查不合格，擅自实施设计变更的。
第二十五条
施工单位不按照批准的设计变更文件施工的，交通主管部门责令改正；造成建设工程质量不符合规定的质量标准的，负责返工、修理，并赔偿因此造成的损失；情节严重的，责令停业整顿，降低资质等级或者吊销资质证书。