当集体合同发生利害冲突时，可以通过协商、政府协调等方法可以解决，当然，也可以和当事人提起诉讼，可由人民法院裁判解决。第一，协商解决集体合同纠纷。协商解决集体合同纠纷是指企业工会在自愿的基础上，互相体谅，按照法律法规解决双方纠纷。第二，协调解决集体合同纠纷。协调解决集体合同纠纷是指在当地人民政府劳动行政部门会同有关部门通过调解，使集体合同当事人双方解决纠纷。第三，集体合同争议的仲裁。集体合同争议仲裁是指劳动争议仲裁机关对集体合同纠纷的仲裁。它既不同于当地人民政府行政部门协调解决，也不同于法院的审判，它是具有法律效力的行政措施。第四，集体合同纠纷的审判，集体合同争议的审判是指人民法院审理集体合同争议案件的活动。目前我国集体合同争议案件，一般通过行政手段加以解决。

法律依据：
《集体合同规定》第四十九条
集体协商过程中发生争议，双方当事人不能协商解决的，当事人一方或双方可以书面向劳动保障行政部门提出协调处理申请;未提出申请的，劳动保障行政部门认为必要时也可以进行协调处理。