双方因感情不和分居满两年的能否算自动离婚

不能。我国不存在自动离婚的情况，分居满两年只是法院判断夫妻感情破裂的因素之一，并不是自动离婚的因素。目前国内承认的离婚方式只有协议离婚或者诉讼离婚。对于诉讼离婚，法律规定因感情不和分居满二年，经调解无效的，应准予离婚。夫妻双方离婚的，需要到民政部门申领离婚证。
《民法典》第一千零七十八条，婚姻登记机关查明双方确实是自愿离婚，并已经对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的，予以登记，发给离婚证。
《民法典》第一千零七十九条，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解;如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
(一)重婚或者与他人同居;
(二)实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员;
(三)有赌博、吸毒等恶习屡教不改;
(四)因感情不和分居满二年;
(五)其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。